O Foot-ball Club do Porto foi fundado no dia 28 de Setembro de 1893 por António Nicolau d'Almeida, um comerciante de vinho do Porto que descobriu o futebol nas suas viagens a Inglaterra. A fundação do Foot-ball Club do Porto foi notícia nos jornais da época e o evento mais significativo desta primeira e breve existência do clube foi uma partida contra o Club Lisbonense, com o alto patrocínio do Rei D. Carlos, disputada no Porto no dia 2 de Março de 1894 e na qual cada clube representou a sua cidade. Contudo, poucos dias depois da partida ouvir-se-ia falar do FC Porto pela última vez no século XIX; António Nicolau d'Almeida acedeu ao pedido da futura esposa, que considerava o futebol uma modalidade demasiado violenta, e afastou-se do clube que entrou num período de letargia.
Em 1906 José Monteiro da Costa regressou de Inglaterra fascinado pelo mesmo desporto que encantara o seu amigo há mais de uma década e resolveu criar uma equipa de futebol. Foi então que António Nicolau d'Almeida lhe falou do projecto que iniciara em 1893, e José Monteiro da Costa não hesitou. Membro de uma associação denominada Grupo do Destino, sugeriu aos seus colegas que embarcassem com ele na aventura, ao que a maioria acedeu. Terminava o Grupo do Destino e renascia o FC Porto, em Agosto de 1906, assumindo desde logo uma faceta de clube eclético, no qual se praticavam também atletismo, boxe, cricket, halterofilismo, pólo aquático e natação.
O seu primeiro campo, o Campo da Rua da Rainha (que data do ano de refundação do clube), foi o primeiro campo relvado em Portugal. O FC Porto foi pioneiro também na internacionalização: foi a primeira equipa portuguesa a receber um conjunto estrangeiro (o Real Fortuna de Vigo, em 1907) e a primeira equipa a deslocar-se ao estrangeiro (a Vigo, em 1908). O primeiro título oficial do palmarés portista surge em 1912: é a Taça José Monteiro da Costa, o Campeonato do Norte de Portugal (de futebol), criado em homenagem ao refundador do FC Porto.
Ainda que forçada (pela construção de uma fábrica no espaço do antigo recinto), a mudança para o Campo da Constituição em 1912 correspondeu a uma significativa melhoria das instalações. Simultaneamente, o FC Porto crescia a nível desportivo, tendo vencido a primeira prova de âmbito nacional na história do futebol português: o Campeonato de Portugal de 1922. Nesse mesmo ano, o futebolista Simplício, também artista gráfico, conjugou o antigo símbolo do FC Porto com as armas da cidade do Porto, dando origem ao actual emblema do clube, datando da mesma altura o Hino do FC Porto, com letra de Heitor Campos Monteiro e música do Maestro António Figueiredo e Melo. O constante aumento do número de sócios e a introdução de novas modalidades (ginástica em 1910, basquetebol e hóquei em campo em 1926, râguebi em 1928, andebol de onze em 1932 e ténis de mesa em 1937) contribuíam também para o crescimento do clube.

Emblema do FC Porto na parede do Campo da Constituição.
Em meados dos anos trinta o FC Porto conhecia uma dimensão tal que o Campo da Constituição já parecia pequeno demais - começaram então os planos para a construção de um novo estádio. Como este demoraria década e meia a surgir, foi necessário procurar uma solução temporária, passando o FC Porto a jogar alguns jogos no campo emprestado do Sport Progresso (Amial) ou do Académico (Estádio do Lima).
Em 1945 o FC Porto tinha cerca de 8 mil sócios e o alargamento a novas modalidades prosseguia: bilhar e pesca desportiva em 1940, voleibol em 1943, ciclismo em 1945, campismo em 1951 e hóquei em patins em 1955. Entretanto, a equipa de futebol passava 15 anos sem títulos, entre 1941 e 1955; eram as outras modalidades, nomeadamente o andebol de onze e o ciclismo, que se encarregavam de ir aumentando o palmarés do clube. O futebol, porém, mesmo não vencendo competições oficiais, foi responsável pela mais significativa adição à sala de troféus do FC Porto na altura: em 1948 venceu o Arsenal, considerada a melhor equipa do mundo, no Estádio do Lima. Apesar de ter sido apenas um amigável, sócios e notáveis ofereceram ao clube um troféu com mais de 300 quilos, 130 dos quais em prata maciça.
O ansiado novo estádio foi inaugurado em 1952. Chamava-se Estádio do Futebol Clube do Porto, mas ficou para a história como Estádio das Antas. Inicialmente apenas um estádio, foi-se transformando ao longo dos anos num verdadeiro complexo desportivo, com a construção de uma piscina, dois pavilhões e outras instalações essenciais à prática das várias modalidades do clube.
O bom período que permitiu a quebra do jejum em 1956 (e logo com uma dobradinha, a primeira) e a conquista do título de 1959 foi sol de pouca dura para o futebol portista: avizinhava-se novo período negro, desta vez de 18 épocas. Mais uma vez, foram sobretudo o andebol (de onze e agora também de sete) e o ciclismo a trazer alegrias aos adeptos. Nos anos 60 a actividade foi alargada aos desportos motorizados em 1960 e ao xadrez em 1967.
O afastamento dos títulos no futebol seria quebrado em 1978 pelo treinador José Maria Pedroto, "o Mestre", com Jorge Nuno Pinto da Costa como chefe do departamento de futebol e Américo de Sá na presidência. No ano seguinte, uma nota negativa: depois do ténis, do râguebi e do pólo aquático terem ficado pelo caminho, o andebol de onze cessa a actividade no clube; foram 28 títulos nacionais em 40 edições do campeonato, uma existência gloriosa de uma modalidade que praticamente não deixa rasto em Portugal nos dias de hoje.
Em 1982 Jorge Nuno Pinto da Costa sobe à presidência do FC Porto, marcando uma viragem definitiva na história do clube. Em termos desportivos, o FC Porto conquista nesse mesmo ano o seu primeiro título internacional: a Taça das Taças de hóquei em patins. Dois anos depois, chega à final da mesma competição em futebol, que perde contra a Juventus. O hóquei em patins, que até 1982 não contava com qualquer título - nacional ou internacional - fez da Taça das Taças o primeiro passo de uma caminhada rumo ao topo em Portugal e no Mundo. Volta a vencer a Taça das Taças em 1983, conquista um pentacampeonato entre 1982 e 1987 e sagra-se campeão da Europa em 1986 e em 1990. No atletismo, Aurora Cunha soma títulos, sagrando-se tricampeã do mundo de estrada (1984/85/86). Em 1987 veio a glória no futebol, com a vitória na Taça dos Clubes Campeões Europeus (em Viena, contra o Bayern de Munique, com um inesquecível golo de calcanhar de Rabah Madjer), na Taça Intercontinental (contra o Peñarol de Montevideu) e na Supertaça Europeia (contra o Ajax). Também a nível interno o FC Porto começava a desenhar um domínio que se prolonga até aos dias de hoje.
Mas o crescimento do clube revelava-se também sob outras formas, como a criação da Loja Azul (1983), da Revista Dragões (1985) e da secção de desporto adaptado (1986), e ainda o rebaixamento do relvado do Estádio das Antas (1986), aumentando significativamente a sua capacidade (o que já havia sucedido em 1976 aquando da construção das bancadas da maratona). Nessa altura o número de sócios já ultrapassava os 50 mil. Contudo, outras duas modalidades são extintas nessa mesma década - o ciclismo e o hóquei em campo, respectivamente em 1983 e 1989.
A nível institucional, o clube sofreu fortes transformações nos anos 90 com a criação da FC Porto, Futebol, SAD, e da FC Porto, Basquetebol, SAD, sociedades comerciais que passaram a gerir o futebol e o basquetebol do clube, respectivamente. Foram ainda criadas a PortoSeguro, a PortoComercial e a PortoMultimédia, embora em termos desportivos mais três modalidades tenham sido abandonadas: voleibol (1991), ténis de mesa (1995) e xadrez (1998).
Os anos 90 foram de sucesso sobretudo para a equipa de futebol que foi campeã oito vezes, cinco delas consecutivas (o histórico Penta, que nunca tinha sido atingido no futebol português). O FC Porto esteve também em evidência no hóquei em patins (inclusive a nível internacional, conquistando duas Taças CERS), no basquetebol, na natação e no boxe. Em 1995 o FC Porto ultrapassou a marca dos 100 mil sócios e no ano seguinte, pela primeira vez, uma atleta do FC Porto conquistou uma medalha olímpica: Fernanda Ribeiro venceu os 10 mil metros e trouxe o ouro de Atlanta (quatro anos depois traria o bronze de Sydney). Em andebol, o FC Porto reconquistou em 1999 o título de campeão nacional que fugia há 30 anos. Aliás, 1999, além de ter sido o ano do Penta, marcou uma época perfeita para o clube que foi campeão nas quatro modalidades mais importantes no panorama desportivo português: o futebol, o hóquei em patins, o andebol e o basquetebol.
No início do século XXI José Mourinho chegou às Antas e foi com ele que a equipa de futebol do FC Porto regressou aos títulos internacionais, conquistando a Taça UEFA em 2002/03 e a Liga dos Campeões em 2003/04 - época em que o FC Porto voltou a lograr o pleno nacional, sagrando-se campeão nas quatro modalidades principais. No mesmo ano, já com Victor Fernandez, a Taça Intercontinental seria acrescentada ao palmarés portista.
Entretanto, em 2002 havia sido inaugurado o Centro de Treinos e Formação Desportiva PortoGaia, pela Fundação PortoGaia (criada pelo FC Porto e pela Câmara Municipal de Vila Nova de Gaia), e em 2003 o Estádio do Dragão, da responsabilidade de mais uma empresa do grupo FC Porto, a PortoEstádio. As modalidades que jogam em casa emprestada desde que, em 2001, o Pavilhão Américo de Sá e as piscinas do complexo das Antas foram demolidos, aguardam ainda pelo pavilhão que surgirá junto ao actual estádio, que terá o nome de Dragãozinho. O Presidente Pinto da Costa já lançou a primeira pedra deste novo pavilhão, precisamente no dia em que foi reconduzido para mais um mandato à frente dos destinos do Clube e no dia em que o Porto se sagrou Bi-Campeão Nacional de Futebol, num jogo em casa frente ao Desportivo das Aves. Jesualdo Ferreira, treinador dos azuis e brancos, sagrou-se, assim, campeão nacional pela primeira vez, à imagem do que tinha acontecido na temporada transacta com o holandês Co Adriaanse.